燃灯佛师见争斗已平，而释迦摩尼之势已经盛起，知是天意大势所趋，便与众佛和佛徒道：“今日之争，也是因我而起，现如今，我的佛法已经尽数传给了释迦摩尼，其精于佛法，又有无上法力，从今往后，我将佛师之位传与释迦摩尼，你等皆归属其门下，好生追随，将我佛门弘扬广大。”
众佛徒跟随燃灯多年，今听佛师如此一说，皆高诵佛号，大多不舍，但谨尊燃灯佛师之命。
燃灯将身上袈裟披于释迦摩尼身上，作为传承的信物，让原本跟随他的一干佛门弟子，见袈裟即如同见佛门至尊。
释迦摩尼恭敬地领受，那些原本跟随燃灯的徒众至此名正言顺地归于雷音寺门下，释迦摩尼也就此称释迦摩尼“如来”。
如来传承了佛法上尊，在灵山专门打造宝阁，将佛师燃灯好生安顿了。
燃灯逐渐不再参与实际诸事，被今世佛祖如来尊封前世古佛。
而孔雀和大鹏皆被封护法，也重新好生安顿。
灵鹫山也去掉鹫字，更名灵山。
那大鹏自己被占了巢窝，原本属于自己的灵鹫山变成了如来的灵山，心中还存有不平，得了个护法虚名，没有供奉，而大鹏又吃食甚猛，本来每日需一条龙来食用，归了如来佛门，又不得明里吃荤腥，心里怨气滋生，总是想寻机远离灵山，自立而去。
如来终于位居佛门至尊，没有忘却菩提，欲让菩提做架下首座，菩提却说不能与之共称，也不想成其门下，本身已是个自在之仙，只愿独自清净修行。
遂在那千山之中位于，西牛贺州的灵台方寸山，名为“斜月三星洞”，隐身在山林洞中，传徒授法，世外逍遥。
如来见菩提无意出世，也知道无法更改，便对菩提道：“道兄既然不愿留在灵山，也莫远去，有时机，我常来请问。”
菩提点头，送走如来，继续径自修心传道。
菩提虽未谋位，但与如来的交往没断，二人经常往来交流道法，菩提不与那灵山众人往来繁琐，每次都是如来去往那菩提处，二人畅谈佛道大法，他人不知。
燃灯获尊上古佛之称，自此清闲，灵山大都是燃灯的后辈晚生，天地能与其等同资历的唯有三清上神，因此燃灯便经常去与那三清谈经论道，逐步不理灵山诸事。
如来居尊是佛门的大事，佛门遣使者禀告了玉帝，佛门虽然自成体系，但天地各界名义皆归天庭掌管，玉帝得知如来已掌位，现来通告，于是便找来太上老君商量看如何安排。